La ganancia/pérdida (G/P) en el trading con margen en Bitfinex siempre se liquida en el último símbolo de un par.
Si abres un long, compras BTC usando financiamiento de margen (USD), si el precio sube, vendes el BTC y obtienes G/P, que es igual a [monto] * ([precio de venta] - [precio de compra]), será para que lo conserves, en USD (o para pagar si has tenido una pérdida).
Si abres un short, vendes BTC (tu propio BTC + financiamiento de margen BTC) y cuando el precio baje, los vuelves a comprar para cerrar la posición. [monto] * ([precio de compra] - [precio de venta]) será para que lo conserves, en USD (o para pagar si has tenido una pérdida). Esto nuevamente es en USD, ya que tendrás un poco de USD de sobra para volver a comprar el BTC vendido anteriormente a un precio más alto.
Si solo deseas mantener BTC después de cerrar un Trade con margen, deberás intercambiar manualmente las ganancias en USD por BTC utilizando el par BTC/USD resaltando "Exchange" en el cuadro Formulario de órdenes en la página de trading.
Bitfinex también ofrece una función para reclamar tu posición que permite el uso de los fondos que tienes en cartera de margen para liquidar una posición apalancada como compra o venta de exchange.
Puedes obtener más información sobre cómo reclamar tu posición aquí.